本专业课程设置符合通用标准中对各类课程的比例要求，也符合制药工程专业对数学与自然科学、工程基础、专业基础、专业课程四类课程内容所提出的基本要求和学分要求。
本专业课程体系的特色主要有：
（1） 重视文理渗透以及素质、知识和能力的培养，要求学生必须修读的通识课程达45学分，占总学分的28％以上。
（2） 强调多学科交叉，除了开设控制、化工、制药、生物、环保与安全等方面的课程外，还不断更新专业课内容，加入了专业课小班讨论、探究性实验、数字模拟计算等创新的教学手段，同时过程工程原理实验、制药专业实验也在不断改造中，以适应课程内容的要求。通过课程内容的交叉、融合，达到提高教学效果的目的。
（3） 在学分限制很严的条件下，挤出6学分作为学生的个性课程，学生可根据自己的意愿和兴趣修读本专业推荐的专业选修课，也可跨专业自主修读全校其他专业的专业课程或其他专业推荐的个性课程。另外，学校开设了足够数量的通识课程供学生选课，在大类课程中有不同模块，专业选修课学分远多于学生应选学分，允许学生自由选择，充分尊重学生个性。
